В многодневных ожесточенных боях на Малой земле, а затем при штурме г. Новороссийска в сентябре 1943 года прославили свое Боевое Знамя воины 290-го стрелкового полка внутренних войск. 665 бойцов и командиров полка были награждены орденами и медалями, а командир полка подполковник И.В. Пискарев удостоен звания Героя Советского Союза. Боевая доблесть полка была отмечена присвоением ему почетного наименования “Новороссийский”, а в 1968 году он был награжден орденом Красного Знамени.
Отличились в боях с врагом и бронепоезда внутренних войск. Накануне Великой Отечественной войны в войсках НКВД по охране железных дорог на вооружении находились 36 мотоброневагонов, 12 бронеплощадок и 16 бронепоездов. Наличие бронепоездных подразделений в составе войск НКВД по охране железных дорог значительно усиливало охрану и оборону железнодорожных сооружений. С первых дней войны бронепоезда войск НКВД вступили в боевое соприкосновение с противником по всему фронту. Обладая большой подвижностью, мощью огня и броневой защитой, они прикрывали сосредоточение и развертывание частей Красной Армии, обороняли важнейшие мосты, осуществляли противовоздушную оборону железнодорожных узлов и тыловых объектов, боролись с прорвавшимися частями и десантами врага. На 1 июля 1943 года количество бронепоездов в войсках увеличилось до 29, а также действовал 31-й отдельный дивизион в составе трех линейных бронепоездов с зенитным вооружением. Дивизион выполнял задачи по сопровождению правительственных поездов.
Развернувшаяся всенародная вооруженная борьба с агрессором на оккупированной им территории вылилась в мощное партизанское движение. Среди народных мстителей было немало и военнослужащих внутренних войск, подразделения и части которых оказались в окружении в первые недели и месяцы войны.
Командование войск НКВД нередко выделяло кадровый состав для действий в тылу врага. В июле — августе 1941 г. из воинов-добровольцев пограничных и внутренних войск, оперативных сотрудников НКВД в Киеве было сформировано два партизанских отряда, на Ленинградском фронте также были созданы несколько отрядов из добровольцев войск НКВД. В течение августа – сентября 1941 года в эти отряды были направлены 1000 воинов, а в 1942 году еще 300 бойцов-чекистов.
Учебным центром подготовки специальных разведывательно-диверсионных отрядов для действий в тылу противника стала Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР. Сформированная в октябре 1941 года, она комплектовалась из сотрудников органов НКВД, бойцов и командиров пограничных и внутренних войск, добровольцев-спортсменов. В нее направлялись наиболее опытные чекисты, участники Гражданской войны, лучшие кадровые командиры и политработники, люди, на которых можно было всецело положиться в самых трудных условиях партизанской борьбы и работы в подполье во вражеском тылу. За героизм и мужество, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, более 5 тысяч омсбоновцев были награждены орденами и медалями, 25 человек удостоены звания Героя Советского Союза.
Пополнение действующей армии частями войск НКВД началось уже с конца июня 1941 года, когда на территории Московского военного округа войска НКВД приступили к формированию 15-ти стрелковых дивизий. В каждую из них войска НКВД выделили по 500 человек командно-начальствующего состава и по 1000 младших командиров и рядовых. Остальной состав поступал из запаса. Всего из пятнадцати дивизий тринадцать получили почетные наименования, десять из них — награждены орденами. К 1 августа 1942 года на фронт было направлено 75 тыс. военнослужащих. В октябре 1942 года началось формирование Отдельной армии НКВД. 5 февраля 1943 года армия, получившая наименование 70-й, убыла на Центральный фронт и приняла участие в знаменитой Курской битве. Всего с начала войны НКВД сформировал для действующей армии или передал из своего состава в Народный комиссариат обороны 29 дивизий.
Являясь постоянно действующим резервом Красной Армии в борьбе с фашистскими захватчиками, внутренние войска на всем протяжении войны, как и в предвоенные годы, осуществляли выполнение повседневных задач. Но в военную пору объем этих задач увеличился. Кроме того, войска выполняли задачи военного времени. На завершающем этапе войны войска вели борьбу с националистическим подпольем и его вооруженными формированиями. Эта боевая деятельность продолжалась и в первые послевоенные годы.
В ходе войны против Советского Союза командование немецко-фашистской армии, спецслужбы Германии развернули широкую подрывную деятельность в тылу советских войск. Она осуществлялась путем выброски парашютных десантов, засылки в тыл нашей армии диверсантов, шпионов. Нередко диверсанты действовали в форме военнослужащих Красной Армии, войск НКВД, сотрудников милиции. Их задачей при наступлении фашистских войск был захват (а при отступлении - уничтожение) мостов и переправ в прифронтовой полосе, военных объектов, баз, складов, вывод из строя линий связи, железнодорожного полотна, уничтожение советских командиров.
Чтобы не допустить этого, Верховным Главнокомандованием с первых недель войны были приняты меры по охране тыла действующей армии. Эти задачи выполняли специально выделенные части внутренних и пограничных войск. На каждом фронте были созданы управления войск НКВД по охране тыла. Начальник войск НКВД по охране тыла фронта, помимо подчинения Наркомату внутренних дел СССР, в оперативном отношении подчинялся также военному совету фронта и выполнял все его указания по организации охраны тыла. Основой войск по охране тыла действующей Красной Армии явились пограничные части. Внутренние войска решали до 30% общего объема задач по охране тыла фронтов.
К концу 1944 года ряд пограничных частей, участвующих в охране тыла действующей армии, приступил к выполнению своих непосредственных задач - несению службы по охране Государственной границы.
Всего к концу войны в охране тыла участвовали 57 полков войск НКВД численностью 85 тысяч человек, не считая частей, направленных на борьбу с бандитизмом на территории Западной Украины, Западной Белоруссии и Прибалтики.
Важной задачей внутренних войск являлось обеспечение радиопротиводействия противнику. Для выполнения этой задачи в ноябре 1942 года в состав внутренних войск были включены переданные из Главного разведывательного управления Генштаба РККА полевые управления специальной службы и радиостанции «Осназ». Из них формировались отдельные спецдивизионы, центральные и отдельные радиостанции НКВД с задачами разведки эфира, радиоперехвата шифрованной переписки и предварительной ее обработки с радиосетей и радиоточек противника. В декабре 1942 года на основании постановления ГКО в составе внутренних войск были сформированы радиодивизионы мешающего действия для постановки помех радиостанциям противника на поле боя.
30 января 1943 года постановлением ГКО строительство, восстановление, эксплуатационное обслуживание и охрана всех магистральных линий, используемых для правительственной высокочастотной связи между Ставкой Верховного Главнокомандования и штабами фронтов и армий, были возложены на НКВД СССР. Народный комиссариат внутренних дел поручил эту задачу внутренним войскам.
Внутренние войска привлекались и для отдельных специальных заданий. Они, например, сопровождали и охраняли вывозимые из Москвы государственные запасы драгоценных металлов и других ценностей. В ноябре – декабре 1943 года 131-й стрелковый полк внутренних войск обеспечивал безопасность на Тегеранской конференции руководителей союзных держав И.В. Сталина, Ф.Д. Рузвельта и У.Черчилля. Там же одно из подразделений полка участвовало в ликвидации групп немецких диверсантов. В феврале 1945 года два полка внутренних войск принимали участие в охране делегаций союзных государств антигитлеровской коалиции на Ялтинской конференции.
Одной из важных задач внутренних войск в годы войны была гарнизонная служба в городах и районах, освобожденных от гитлеровских захватчиков. Отступая под натиском Красной Армии, фашисты оставляли на советской территории группы террористов, насаждали агентуру с целью сбора разведывательных данных, распространения провокационных слухов, осуществления диверсионно-террористических актов. Государственный комитет обороны своим постановлением от 4 января 1942 года возложил на внутренние войска выполнение всех задач, связанных с организацией и несением гарнизонной службы в освобожденных районах.
Для выполнения этих задач предусматривалось выделение 98 тысяч военнослужащих из числа оперативных, конвойных войск, частей по охране железнодорожных и промышленных объектов, а также 2150 пограничников.
Предназначенные для этого части и подразделения двигались за боевыми порядками Красной Армии и вступали в города сразу после их освобождения, а нередко сами активно участвовали в боевых действиях. Гарнизоны выставлялись, как правило, в составе роты или батальона в зависимости от величины города.
После развертывания гарнизона совместно с территориальными органами внутренних дел и госбезопасности определялись объекты, которые следовало взять под охрану, намечались меры по обеспечению общественной безопасности, оказанию помощи правоохранительным органам по изъятию вражеских элементов. На въездах в города и выездах из них устанавливались контрольно-пропускные пункты, организовывалась проверка документов у всех лиц, следующих через них. Осуществлялось патрулирование городских и пригородных территорий, выявлялись минированные объекты, дома, улицы, велись работы по их разминированию.
В период войны все особо важные промышленные предприятия, и прежде всего оборонные, охранялись частями войск НКВД. К концу 1944 года под их охраной было 487 заводов и других объектов. Постановлением Государственного комитета обороны на войска была также возложена охрана станционных и линейных железнодорожных сооружений, грузов, денежных касс, сопровождение вагонов с наиболее важными грузами. В 1944 - 1945 годы в западных областях Украины, Белоруссии, в Прибалтике на железнодорожные войска возлагалась также борьба с бандитизмом и диверсиями на железнодорожном транспорте и в районах, прилегающих к стальным магистралям.
Части конвойных войск в годы Великой Отечественной войны продолжали нести службу по конвоированию заключенных и охране тюрем. Кроме этого на них были возложены задачи по конвоированию военнопленных, охране их в лагерях и на объектах работы.
Первые значительные группы военнопленных были приняты под охрану конвойных частей после разгрома немецко-фашистских войск под Москвой и осуществления Красной Армией наступательных операций зимой 1941-1942 годов.
В ходе успешных действий советских войск в плен стали попадать десятки и сотни тысяч фашистских солдат. В результате разгрома немецких войск под Сталинградом в плен было взято 91 тысяча человек, в том числе свыше 2500 офицеров и 24 генерала во главе с фельдмаршалом Паулюсом.
17 июля 1944 года по улицам Москвы была проведена огромная колонна военнопленных – 57 600 немецких солдат и офицеров во главе с 19 генералами. Это была только часть военнопленных, захваченных в ходе блестяще осуществленной войсками Красной Армии Белорусской стратегической наступательной операции. В Ясско-Кишиневской операции было пленено 208 600 фашистских солдат и офицеров, в том числе 25 генералов.
Части НКВД были использованы для проведения специальной операции, предпринятой по приказанию Сталина в конце 1943 - первые месяцы 1944 года против этнических групп Юга СССР.
Решение о выселении принималось в связи с активизацией антисоветских действий, в том числе вооруженных, со стороны националистических группировок, прямым пособничеством фашистам на оккупированных территориях. Известны случаи, когда националистами совершались массовые жестокие убийства населения со славянской внешностью. Создавались националистические повстанческие формирования для вооруженной борьбы с Советской Армией.
