Приблизно у той самий час, у січні 1900 року, Микола Міхновський у Харкові взяв участь у створенні Революційної Української Партії (РУП) — першої української політичної самостійницької організації у Наддніпрянській Україні. Її лідери запропонували Міхновському узагальнити свої ідеї в окремій брошурі. Вона з'явилася того самого року під назвою "Самостійна Україна" і була видана у Львові, накладом у тисячу примірників.
Деякий час «Самостійна Україна» вважалася програмою РУП, але згодом зазнала гострої критики. Малоросійська інтелігенція, вихована на російській культурі, сприйняла цей маніфест вкрай вороже. Незадоволення позицією Міхновського почалося і у самій РУП, оскільки «Самостійна Україна» не містила соціальної програми, тоді як члени РУП тяжіли до соціалізму. Як наслідок, Міхновського звинуватили у шовінізмі, надмірному радикалізмі, в «ориґінальнічаніі».
Незважаючи на шквал критики, Микола Міхновський наприкінці 1900 року, у відповідь на заборону офіційної влади зробити напис українською мовою на пам'ятнику Котляревському у Полтаві, від імені тієї ж РУП написав "Одвертий лист до міністра Сипяґіна", який закінчувався словами:
"Українська нація мусить скинути пановання чужинців, бо вони огиджують саму душу нації. Мусить добути собі свободу, хоч би захиталася ціла Росія! Мусить добути собі визволення з рабства національного та політичного, хоч би пролилися ріки крови! А та кров, що поллється, впаде як народне прокляття на Вашу голову, пане міністер, і на голови всіх гнобителів нашої нації" [12, 1].
У відповідь на поширення у суспільстві марксистських настроїв, байдужих до національних потреб поневолених націй, Міхновський розгорнув енергійну діяльність з консолідації прихильників ідеї самостійності. У 1902 році, коли у Революційній Українській Партії почали перемагати соціалістичні та автономістські тенденції, Міхновський разом із небагатьма однодумцями вийшов із РУП і на початку 1904 року заснував Українську Народну Партію (УНП), що проголосила своєю метою боротьбу за незалежність України. Микола Міхновський став її провідником і головним ідеологом, автором програми УНП та інших партійних видань, що на тривалий час стали наріжними для багатьох поколінь українських націоналістів.
Найбільшого поширення набув своєрідний маніфест самостійників "Десять заповідей УНП", написаний 1903 року і широко відомий в Україні та за кордоном. «Десять заповідей УНП» — один з найгостріших документів самостійницького руху, створених Міхновським. «Ми боремося проти чужоземців не тому, що вони чужоземці, а тому, що вони експлуататори», пояснював він свою позицію. Таким чином, націоналізм Міхновського мав здебільшого оборонний, захисний характер. Він був протидією, запереченню державному шовінізму панівної нації. Характерно, що такої думки дотримувались навіть більшовики, лідер яких, Володимир Ленін, стверджував, що треба розрізняти націоналізм нації пригнобленої і нації пануючої. Націоналізм першої несе в собі позитивний заряд боротьби за національне визволення і може бути виправданий.
Незважаючи на свою нечисленність, самостійники вперто шукали шлях до сердець широкого загалу, використовуючи підкреслено демонстративні і навіть епатажні форми і методи впливу. Це робилося з єдиною метою: будити національну свідомість, розвивати почуття належності до великого народу із славним минулим, привернути якомога більше українців до ідеї самостійності України. Ці ідеї Микола Міхновський популяризував у часописах, які засновував з невпинною енергією попри всілякі адміністративні заборони: «Самостійна Україна» (1905), "Хлібороб" (1905), «Запоріжжя» (1906), «Слобожанщина» (1906), "Сніп" (1912—1913).
Микола Міхновський прагнув використовувати усі наявні можливості для агітаційної роботи. Його зусиллями 1909 року було створено «3-тє Харківське товариство взаємного кредиту». Цю організацію поліція оцінювала як «легальне прикриття групи українців», які обговорюють політичні питання. У 1912—1913 рр. він активно працював у харківському Товаристві імені Квітки-Основ'яненка. Поліція небезпідставно підозрювала Міхновського та інших членів УНП у використанні Товариства для пропаганди самостійницьких поглядів.
Ще під час своєї першої історичної промови на тему необхідності збройної революційної боротьби за права українського народу 19 лютого 1900 року, Микола Міхновський із запалом говорив про «потребу терористичної акції». Логічно, що він став на шлях організації бойового українського підпілля.
У 1904 році, коли Росія святкувала 250-ліття «приєднання Малоросії», УНП на знак протесту вирішила підірвати у Харкові пам'ятник російському поету Пушкіну. У Києві та Одесі планувалося висадити у повітря пам'ятники російським імператорам. Акцію у Харкові успішно здійснила підпільна бойова структура УНП «Оборона України» на чолі з Віктором Чехівським. На місці понівеченого пам'ятника Пушкіну були розкидані відозви із закликом до «боротьби за своє національне визволення».
У своєму прагненні дійти до народних мас, до широких верств української інтелігенції, самостійники мусили долати опір не лише царської бюрократії та зрусифікованої культурної еліти. Як і раніше, вони стикалися з непорозумінням, а то й відкритою неприязню з боку і соціалістичних, і поміркованих українських діячів. Усі тодішні авторитети були їхніми опонентами:
Михайло Грушевський вбачав у Міхновському людину «зі здібностями і ще більше амбіціями, із сильним нахилом до авантюризму, інтриги і демагогії»;
Симон Петлюра критикував його на сторінках часопису «Україна», звинувачував в «обмеженості і вузькості»;
Володимир Винниченко в одному із своїх ранніх гумористичних оповідань «Поміркований та щирий» створив непривабливий образ самостійника Данила Недоторканого, у якому можна впізнати риси Миколи Міхновського.
Поза досить вузьким колом своїх однодумців Міхновський залишався небажаним, незрозумілим і навіть небезпечним. Від цього легко було впасти у відчай, відмовитися від своїх ідеалів та перейти на позиції «поміркованого українства». Та Микола Міхновський був не з тих, що легко здаються [10, 52].
Останні п'ять-шість років перед Першою світовою війною Міхновський присвятив пропаганді національної ідеї серед тих кіл, які досі були далекі від українського руху, а саме серед промислових та хліборобських кіл Слобожанщини і Донецького басейну. Микола Міхновський вже тоді розумів, що держави будуються не лише національною інтелігенцією, а насамперед продукуючими класами і організаторами крупних виробництв. Він і сам взяв участь в організації соляних промислів у Слов'янському районі на Донбасі. Під його впливом чимало промисловців взяли участь в українському національному русі. Так син і донька відомого організатора вугільної промисловості в Донецькому басейні Алчевського під впливом Міхновського включилися в національний рух, а Христя Алчевська стала однією з видатних українських поетес.
З початком Першої світової війни Микола Міхновський перебував на фронті, хоча сам, будучи давнім ворогом Росії, з ідейних міркувань не воював і дуже скоро перевівся до Києва, де згодом служив у чині поручика у Київському воєнному окружному суді. За нових обставин у нього з'явилася ідея закласти підвалини майбутньої української армії. Він вважав, що кожен вояк російської армії, який є українцем, мусить вважати себе вояком майбутньої української армії. Знаючи, якого розмаху і впливу набрав легіон Українських січових стрільців (УСС) по той бік фронту, Міхновський намагався ініціювати створення українських частин у царській армії, але на той час цей задум не знайшов належної підтримки.
З початком Української революції 1917 року Міхновський спрямував свій пропагандистський досвід та організаторські здібності на громадсько-політичну та військову діяльність. 15 березня 1917 року він зібрав своїх однодумців і проголосив створення альтернативної Центральної Ради, яка виразно задекларувала свій самостійницький характер. Та перед Міхновським одразу ж постала дилема: або разом з однодумцями розбудовувати далі власну Раду з метою якнайшвидшого проголошення Української держави і наразитися на звинувачення у розколі «українського табору», або приєднатися до легітимної Центральної Ради — в надії переконати опонентів у необхідності проголошення незалежності. В результаті був обраний другий варіант: наприкінці березня 1917 року «самостійники» Міхновського ввійшли до складу ЦР. Жодної з проблем це не вирішило: серйозні розходження виникли вже під час написання першої спільної відозви. Побачивши, що у дискусіях лише марнується дорогоцінний час, Микола Міхновський повністю віддався творенню українського війська.
